Въпреки че в Панама имаше сецесионистки движения, когато тя беше част от Колумбия през 19-ти век, нямаше признато панамско знаме. През 1903 г., когато сенатът на Колумбия отхвърли предложения договор със Съединените щати, който щеше да предвиди изграждането на Панамски канал, американците подпомогнаха движението за независимост на Панама и беше създадена Република Панама.
Първоначално беше предложен дизайн на флаг, който използваше цветовете на колумбийското знаме. Той се състоеше от равни хоризонтални ивици от червено и жълто със син кантон, носещ две свързани жълти слънца, символизиращи свързването на двете половини на планетата с бъдещия Панамски канал. Дизайнът на знамето, който е окончателно избран, става официален на 4 юли 1904 г.; тя беше разделена на тримесечие с две звезди. Приписваната символика беше редуването на двете основни политически партии в управлението (първоначално червеното беше за либералите, синьото за консерваторите, а бялото за мир между тях), въпреки че цветовете и звездите ясно загатнаха за влиянието на знамето на Съединените щати. Панамското знаме е проектирано от Мануел Е. Амадор, син на първия президент на новата република.
