Трети двор
Канопираната порта на Фелисити води към третия двор или най-вътрешния двор, в който се помещаваха частната резиденция на султана и вътрешното дворцово училище. Само султанът, членовете на неговото семейство, неговите слуги и случаен одобрен посетител можеха да влязат. Посетителите на султана можеха да стигнат само до публиката и се очакваше да спазват строгите обичаи. Те не можеха да осъществят контакт с очите или да говорят директно със султана, а вместо това щяха да спуснат глава, да хвърлят очи надолу и да говорят с преводача на султана.
Преди Мурад III да премести резиденцията си в харема през 16 век, апартаментите на султана са били разположени в третия двор в сградата, често наричана Камарата на светите мощани. Името произлиза от ролята му на хранилище за ислямски реликви, включително мантията, мечът и лъкът на пророка Мохамед, всички те са получени, когато Селим I завладява династията Мамлюк в Египет през 1517 г., предавайки халифата на османците.
Общежития на кралските страници, които бяха част от йерархия на слуги към султана, също са разположени в третия двор. Повечето страници бяха набирани като момчета от завладеното християнско население чрез системата devşirme, в която момчетата бяха извадени от семействата си като форма на данък или почит. След като получиха нови имена и се обърнаха към исляма, най-ярките момчета бяха назначени конкретни роли и получиха строго образование, докато печелеха заплати. Те следваха меритокрация и можеха да постигнат толкова високи позиции като велик везир, но много мъже бяха освободени на 25 и се ожениха за момиче от харема или дъщеря на султана. Общите стаи на кралските страници сега съхраняват части от имперските колекции. Портретите на султаните, например, са разположени в общежитието на тайна камара, а имперският гардероб е в общежитието на кампаниите. Много от предметите и в двете колекции показват умението на занаятчиите на двореца, както и промените в техниките и модата. Зрителите могат да видят забележимата промяна в обличането през 19-ти век, например, през гардероба и колекцията за портрети, когато европейската военна дреха замени калтана на султана, а фесът замени тюрбана.
Една от най-известните колекции на двореца е тази на императорските бижута, поместени в палата на Завоевателя, също в третия двор. Фондовете включват така наречения диамант на Spoonmaker's Diamond, един от най-големите изрязани диаманти в света, и изумруденият кинжал Topkapı, обект на интрига във филма от каперса Topkapi от 1964 г. Подобно на другите части от колекцията на музея, на колекцията от бижута до голямото богатство на Османската империя.
Центърът на третия двор е зает от Библиотеката на султан Ахмед III, която е пищно декорирана като много от сградите на двореца с боядисани плочки, витражи и щори с инкрустация от седеф и слонова кост. Книжната колекция е консолидирана с други дворцови книги през 20-ти век и е преместена в Джамията на Ахасите, която е най-голямата джамия в двореца и разположена в съседство. Колекцията на двореца Топкапи включва редки ръкописи, илюстрирани томове и ранни копия на Корана, всички изследователи могат да разгледат в читалнята.
Четвърти двор
Третият двор се простира до четвъртия двор, който се състои предимно от терасовидни градини и павилиони. Той е дом на пищно украсената камара за обрязване, палата на Багдад и палата на Ереван. Една от най-отчетливите структури на четвъртия двор е причудливият позлатен бронзов ифтар Пергола, където султаните щяха да пречупят бързо, ако през лятото падне Рамадан. Много от османските султани проявяваха интерес към цветята и градинарството, а четвъртите дворни градини са пълни с лалета, точно както биха били по време на управлението на Осман.
харем
Харемът бил жилищните помещения на семейството на султана и бил разделен строго по пол. През 16 век става резиденция и на султана, когато Мурад III има построени там апартаменти. Подобно на останалата част от двореца, харемът непрекъснато се обновяваше и растеше според нуждите. Резултатът е доста лабиринтно оформление и много архитектурни стилове.
За да влязат или излязат от харема, жителите трябваше да минат през павирания двор на черните евнуси до Главната порта, наричана още Кралската порта. Черните скопци охраняваха харема и вероятно бяха закупени на пазари на роби в завладени земи и кастрирани преди пубертета. Подобно на кралските страници евнусите получават заплати и следват меритокрация, но за разлика от страниците, само няколко евнуси някога са били освобождавани. Жилищните им помещения, както и камарата на ковчежниците и училището на принцовете обграждаха този двор.
Минавайки Главната порта е павираният двор на кралицата майка, най-големият и най-централният двор на харема. Майката на кралицата била център на властта в харема. Наричана валидния султан, тя беше главният консор, чийто син се възкачи на трона. Тя също имаше значително влияние върху султана, който всяка сутрин се спираше в нейните централно разположени апартаменти, за да я информира за държавните дела.
Апартаментите на султана бяха свързани с майката на кралицата чрез бял мраморен двоен хамам, турска баня. Едната страна на хамама беше запазена за султана, а другата - за жените от харема. Останалата част от резиденцията на султана включва тронна зала и три тайни стаи. Покровната стая на Мурад III е най-старата и най-добре оцелялата сграда в харема и е проектирана от един от най-известните архитекти на Османската империя - Синан. Куполното пространство е изящно декорирано с плочки Изник и калиграфия, рецитиращи стихове от Корана. Друга тайна стая, наречена Плодове стая, е добавена от Ахмед III и е нехарактерно украсена с деликатно лакирани плодове и цветя.
Синовете, дъщерите, братята и сестрите на султана също живееха в харема и заеха една от стотиците стаи на харема. Павилионите-близнаци, например, вероятно са били жилищните помещения на синовете на султана, започващи през 18-ти век.
Харемът също имаше жилищни помещения за женски слуги, наложници и главни консорци на султана, а стаите бяха достъпни чрез Галерията на наложниците извън Главната порта. Много от тези жени идваха като подаръци или покупки от пазара на роби, когато бяха млади момичета, и като останалите слуги на двореца, те следваха меритокрация. Те са се заели с прислужните задачи, докато са получавали заплати и са се обучавали или да станат съпруга на някоя от страниците или наложница за султана. Ако бъде избрана да стане наложница, млада жена може да се издигне в редиците и да получи по-добри квартири, по същество, ако роди султан дете. Ако детето беше мъж, който се възкачи на престола, наложникът щеше да заеме най-мощното положение на харема като майката на кралицата. Повечето момичета от харема обаче бяха освободени на 16 или 17 години и се ожениха след обучението си.
