Независимостта за Централна Америка е обявена за първи път на 15 септември 1821 г., но Мексико след това покорява района за две години. Знамето на новозависимите обединени провинции на Централна Америка е прието на 21 август 1823 г. и се състои от синьо-бяло-сини ивици с националния герб в центъра. Тези оръжия включват основно същите дизайнерски елементи, които Никарагуа използва днес. Дори след като петте държави-членки на федерацията станаха независими държави, Никарагуа продължи да вдига старото знаме. Накрая през 1854 г. е избран нов хоризонтален никарагуански трикольор от жълто-бяло-алено, но той не лети дълго. Гражданската война и намесата на северноамериканските изтребители (военни авантюристи) впоследствие доведоха до въвеждането на редица знамена и бързо подменени.
През 1908 г. старият флаг на федерацията е пренасочен като национален флаг на Никарагуа, с подходящи изменения в герба. Този основен дизайн, с по-нататъшни промени на герба, е потвърден отново от закона от 27 август 1971 г., въпреки че червено-черният хоризонтален биколор на движението Sandinista фактически е вторичен национален флаг през годините на управлението на Sandinista (1979 г.) -90). Гербът на знамето включва триъгълник за равенство, капачка на свободата за свобода и пет вулкана между два океана, символични за петте оригинални страни в Централна Америка между басейните на Атлантическия и Тихия океан.
