В края на 19 век европейските сили се стремят да разширят контрола си във вътрешността на крайбрежните територии, които преди това бяха завзели в централна Африка. Под контролиращото влияние на крал на Белгия Леополд II е създадена Асоциацията Internationale Africaine, която през 1885 г. провъзгласява Независимата държава Конго (или Конго свободна държава). Знамето й от 1877 г. е синьо със златна звезда, символизираща блестяща светлина в „тъмния континент“. САЩ бяха първите, които признаха държавата и нейното знаме. На 30 юни 1960 г. неговата държава-приемник (Белгийското Конго) се превръща в независима държава и по подемника на знамето се добавят шест жълти звезди, които да представляват шестте провинции. Когато броят на провинциите е променен през 1963 г., първото знаме е заменено с такова с жълто оградена червена диагонална ивица, а в горния ъгъл на подемника - по-голяма жълта звезда (дизайнът на знамето е леко променен през 1966 г.).
През 1971 г. президентът Мобуту Сесе Секо променя името на страната на Република Заир и създава ново национално знаме - зелено поле, носещо жълт диск с ръка и факла. Режимът на Мобуту е свален през 1997 г. от революционна коалиция под ръководството на Лоран Кабила, почитател на първия премиер на независимото Конго Патрис Лумуба. Кабила нареди на знамето на Лумуба да замени това на Заир от 17 май 1997 г. Новосъздаденият дизайн вече не съответстваше по символиката си на административните реалности, тъй като имаше шест звезди, а страната имаше осем провинции. Въпреки това тя припомни за конгоанците възстановяването на първоначалните им надежди и принципи от времето на независимостта през 1960 година.
Синът на Кабила Йосиф стана президент след убийството на баща си през 2001 г. След като по-младата Кабила донесе мярка за стабилност на страната, той обяви "Трета република" на 18 февруари 2006 г. Националният флаг от 1963–66 г. отново стана официален, въпреки че полето беше с по-светъл нюанс на синьото.
