Традиционно се смята, че звукът на гръмотевици в много планини и долини на Бутан е гласът на дракони, а страната е известна като "Земята на гръмотевица" на родния си език. Драконовият дизайн на знамето обаче може да е повлиян от подобни дизайни, използвани от векове от съседните китайци. В ноктите си драконът на знамето хваща бижута, стоящи за национално богатство и за съвършенство. Драконът, който първоначално е бил зелен, сега е бял, символизиращ чистотата и лоялността на различни етнически групи в страната. Жълто-оранжевият цвят, който правителството на Бутан официално определя като жълто, е символ на властта на краля, като глава на светското правителство, докато оранжево-червеният се свързва с Bka'-brgyud-pa (Kagyupa) и Рънинг-ма-па (Нингмапа) будистки секти и с религиозната ангажираност на нацията.
Точната дата на въвеждане на този флаг не е известна, но може да е настъпила през 1971 г., когато Бутан се присъедини към Организацията на обединените нации. До 60-те години Бутан е до голяма степен затворен за външния свят; нейните външни отношения са били проведени през Обединеното кралство (1910–49) и Индия (от 1949 до 60-те години). Изолацията на Бутан и липсата на морски бряг строго ограничиха обстоятелствата, при които се изисква национален флаг.
