Пепсин, мощният ензим в стомашния сок, който усвоява протеини като тези в месо, яйца, семена или млечни продукти. Пепсинът е зрялата активна форма на цимогена (неактивния протеин) пепсиноген.
Пепсин е признат за първи път през 1836 г. от немския физиолог Теодор Шван. През 1929 г. неговата кристализация и протеинова природа са докладвани от американския биохимик Джон Хауърд Нортроп от Института за медицински изследвания на Рокфелер. (По-късно Нортроп получава дял от Нобеловата награда за химия от 1946 г. за работата си в успешно пречистване и кристализиране на ензими.)
Жлези в лигавичната лигавица на стомаха правят и съхраняват пепсиноген. Импулсите от вагусния нерв и хормоналните секрети на гастрин и секретин стимулират отделянето на пепсиноген в стомаха, където той се смесва с солна киселина и бързо се превръща в активния ензим пепсин. Храносмилателната сила на пепсина е най-голяма при киселинността на нормалния стомашен сок (pH 1,5-2,5). В червата стомашните киселини се неутрализират (pH 7) и пепсинът вече не е ефективен.
В храносмилателния тракт пепсинът въздейства само частично разграждане на протеините в по-малки единици, наречени пептиди, които след това или се абсорбират от червата в кръвообращението, или се разграждат допълнително от ензимите на панкреаса.
Малки количества пепсин преминават от стомаха в кръвообращението, където той разгражда някои от по-големите или все още частично неразградени фрагменти от протеин, които може би са били абсорбирани от тънките черва.
Хроничният обратен поток на пепсин, киселина и други вещества от стомаха в хранопровода образува основата за състояния на рефлукс, по-специално гастроезофагеална рефлуксна болест и ларингофарингеален рефлукс (или екстраезофагеален рефлукс). В последното пепсинът и киселината пътуват чак до ларинкса, където могат да причинят увреждане на лигавичната лигавица и да предизвикат симптоми, вариращи от дрезгавост и хронична кашлица до ларингоспазъм (неволно свиване на гласните струни) и рак на ларинкса.
Пепсинът се приготвя търговски от свински стомаси. Суровият пепсин се използва в кожената промишленост за премахване на космите и остатъчните тъкани от животинските кожи, преди да бъдат дъбени. Използва се и за възстановяване на сребро от изхвърлени фотографски филми чрез усвояване на желатиновия слой, който държи сребърното съединение.
