Съветът на Трент.
През май 1536 г. папа Павел публикува свикване за предложения съвет, който ще се проведе в Мантуя. Той също упълномощи избрана група кардинали да състави доклад за злоупотребите в църквата. Ръководена от кардинал Гаспаро Контарини, тази група отрича ръкополагането на лошо подготвени свещеници, подбора на некомпетентни епископи, натрупването на благодетели и упадъка на религиозните ордени, проповядването и грижата за душите. Докладът обаче попадна в ръцете на протестанти и беше използван от Лутер при жестоко нападение срещу Римската църква и папството. Въпреки това папата следва своите планове за провеждане на събора, който трябва да бъде открит на 23 май 1537 г. в Мантуя. С безкрайно търпение Павел се стреми да преодолее опозицията на император, царе, прелати и принцове, пророкувайки и отлагайки отварянето на събора отново и отново в продължение на девет години, но най-накрая успя да го открие от своя легат, кардинал Джовани дел Монте, в Трент на 13 декември 1545г.
В знак на уважение към призоваването на протестантите, императорът настоява, че съборът се ограничава главно до дисциплина и реформи. Независимо от това, решението на папата да се даде предимство на доктриналните въпроси и на своите ранни сесии Съветът на Трент отхвърли постановления за канона на Писанията, първородния грях, оправданието и тайнствата, както и за реформата. Страховете от чумата и заплахата от нападение от въоръжени протестантски сили подтикнаха папата да приеме преместването на събора в Болоня през февруари 1548 г. Но императорът забрани на испанските и германските илати да отидат в Болоня, а папата трябваше да прекрати събора на 17 септември 1549 г. Въпреки това, тази първа фаза на Трентския събор постигна съществена стъпка напред, което доведе до задълбочена реформа в учението и дисциплината на Църквата.
През целия си понтификат папа Павел често посещава проблемни места в папските държави и извън тях. Бил е в Чивитавекия през 1535 и 1537 г.; посетил Лука и Пиаченца на път за Ница през 1538 г.; се появява в Перуджа, за да умиротвори града, след като неговите сили разбиха властта на семейство Колона през 1540 г.; и през 1543 г. посещава Болоня на път за Бусето, за да се срещне с императора.
