Разработване на ваксини
В началото на 70-те години Пастер вече придобива значителна известност и уважение във Франция, а през 1873 г. е избран за асоцииран член на Академията на Медецин. Независимо от това, лечебното заведение не склоняваше да приеме неговата зародишна теория на болестта, предимно защото произхожда от химик. Въпреки това през следващото десетилетие Пастьор разработва цялостния принцип на ваксинацията и допринася за основата на имунологията.
Първото важно откритие на Пастьор в изследването на ваксинацията идва през 1879 г. и се отнася до болест, наречена пилешка холера. (Днес бактериите, които причиняват болестта, са класифицирани в рода Pasteurella.) Пастьор казва: „Шансът благоприятства само подготвения ум“ и е било случайно наблюдение, чрез което той е открил, че културите на пилешката холера са загубили своята патогенност и са запазени „атенюирани“ патогенни характеристики в течение на много поколения. Той инокулира пилета с атенюираната форма и демонстрира, че пилетата са устойчиви на напълно вирулентен щам. От този момент нататък Пастьор насочва цялата си експериментална работа към проблема с имунизацията и прилага този принцип в много други заболявания.
Пастьор започва да изследва антракс през 1879 г. По онова време епидемия от антракс във Франция и в някои други части на Европа е убил голям брой овце и болестта е нападнала и хората. Германският лекар Робърт Кох обяви изолацията на антраксната бацила, което Пастер потвърди. Кох и Пастьор независимо предоставиха окончателни експериментални доказателства, че бацилът на антракс наистина е отговорен за инфекцията. Това твърдо установява зародишната теория на болестта, която след това се очертава като основна концепция, лежаща в основата на медицинската микробиология.
Пастьор искаше да приложи принципа на ваксинация при антракс. Той подготви атенюирани култури на бацила, след като определи условията, довели до загубата на организъм от вирулентност. През пролетта на 1881 г. той получи финансова подкрепа, предимно от фермери, за да проведе мащабен обществен експеримент за имунизация срещу антракс. Експериментът се проведе в Pouilly-le-Fort, разположен в южните покрайнини на Париж. Пастьор имунизирал 70 селскостопански животни и експериментът бил пълен успех. Процедурата на ваксинация включваше две инокулации на интервали от 12 дни с ваксини с различна потентност. Една ваксина от култура с ниска вирулентност се дава на половината овце и е последвана от втора ваксина от по-вирулентна култура от първата. Две седмици след тези първоначални инокулации, и ваксинираните и контролните овце бяха инокулирани с вирулентен щам на антракс. В рамките на няколко дни всички контролни овце умираха, докато всички ваксинирани животни оцеляват. Това убеди много хора, че работата на Пастьор наистина е валидна.
След успеха на експеримента за ваксиниране на антракс Пастер се фокусира върху микробния произход на болестта. Неговите изследвания на животни, заразени от патогенни микроби, и неговите изследвания на микробните механизми, които причиняват вредни физиологични ефекти при животни, го направиха пионер в областта на инфекциозната патология. Често се казва, че английският хирург Едуард Дженър е открил ваксинацията и че Пастьор е изобретил ваксини. Всъщност, почти 90 години след като Дженър е започнал имунизация срещу едра шарка, Пастьор разработва друга ваксина - първата ваксина срещу бяс. Той беше решил да атакува проблема с бяс през 1882 г., годината на приемането му в Académie Française. Бяс е ужасна и ужасяваща болест, която от векове очарова народното въображение заради мистериозния си произход и страха, който поражда. Завоюването му би било последното начинание на Пастьор.
Пастьор подозира, че причинителят на бяс е микроб (агентът по-късно е открит, че е вирус, неживотно образувание). Той беше твърде малък, за да се види под микроскопа на Пастьор и затова експериментирането с болестта изискваше разработването на изцяло нови методологии. Пастьор избра да проведе експериментите си с помощта на зайци и предаде инфекциозния агент от животно на животно чрез интрацеребрални инокулации, докато не получи стабилен препарат. За да смекчи невидимия агент, той изсушава гръбначните връзки на заразени животни, докато препаратът не стане почти безвирусен. По-късно разбра, че вместо да създаде атенюирана форма на агента, лечението му всъщност го неутрализира. (Пастьор възприема неутрализиращия ефект като убиващ ефект върху причинителя, тъй като подозира, че причинителят е жив организъм.) По този начин, по-скоро несъзнателно, той е произвел, вместо атенюирани живи микроорганизми, неутрализирано средство и отвори пътя за разработване на втори клас ваксини, известни като инактивирани ваксини.
На 6 юли 1885 г. Пастьор ваксинира Джоузеф Майстер, деветгодишно момче, което е било ухапано от бясна куче. Ваксината беше толкова успешна, че донесе незабавна слава и слава на Пастьор. Стотици други жертви на ухапване по целия свят впоследствие бяха спасени от ваксината на Пастьор и ерата на превантивната медицина започна. Международната кампания за набиране на средства е стартирана за изграждането на Пастирския институт в Париж, чието откриване се състоя на 14 ноември 1888 г.
