Бивша британска колония, Сейшелите стават независими на 29 юни 1976 г. Знамето, издигнато по това време, има редуващи се триъгълници от синьо и червено, разделени от бял диагонален кръст. Може би неслучайно този флаг беше почти същият като този, използван от Австралийската обединена парна навигационна компания, чиито кораби редовно посещаваха островите в началото на 20 век. Знамето не продължи дълго: на 5 юни 1977 г. се извърши революция под ръководството на Сейшелската народна обединена партия (СПУП). Новият флаг имаше червено-над-зелени хоризонтални ивици, разделени от вълнообразна бяла лента, която беше същата като флага на SPUP, с изключение на пропускането на жълто слънце в центъра.
През 1993 г. натискът от чужди сили доведе до демократизация на правителството. Управляващата партия загуби своя монопол в изборите, а участието на други партии в правителството доведе до искане за по-малко партизански национален флаг. Парламентът одобри дизайн, включващ цветовете на различни партии в знаме, което се повдига на 18 юни 1996 г. Цветовете на знамето са синьо (за небето и морето), жълто (за животворното слънце), червено (за хората и тяхната работа за единство и любов), бяла (за социална справедливост и хармония) и зелена (за земята и естествената среда).
