Французите завзеха малка крайбрежна зона на входа на Червено море по време на „борбата за Африка“ в края на 19 век. По онова време единственият местен исторически флаг е обикновеният червен флаг на бившия султанат на Тайхура.
Името на крайбрежната зона, преди да бъде променено на френската територия на афарите и емите, е било френска Сомалиленд. Променящите се политически обстоятелства през 20 век доведоха до независимостта на областта като нова страна, която получи името на столицата си Джибути. Както в много други земи, флагът на политическа партия в крайна сметка беше адаптиран да се превърне в новия национален флаг. Настоящият флаг се основава на дизайн, използван от Освободителния фронт на брега на сомалийците, организация, обединена с Африканската народна лига за независимост. Официално е издигнат на 27 юни 1977 г., когато е постигната независимост.
Джибути е мултиетническа държава, както е отразено в дизайна на знамето. Иса са подгрупа на сомалийците, докато афарите или данакилите са свързани с хора, живеещи отвъд границата в Етиопия; и двете са мюсюлмани. Цветът Afar е зелен, символизиращ просперитета. Цветът на Иса е светло син, символизира морето и небето и се отнася до цвета на фона на националния флаг на съседна Сомалия. В допълнение, знамето на Джибути има триъгълник, стоящ за равенство, като неговият бял цвят символизира мира. Тя носи звезда за единство, оцветена в червено за независимост.
