Като архиепископ
Почти година след смъртта на Теобалд, виждането в Кентърбъри беше празно. Томас бил наясно с намерението на краля и се опитал да го разубеди чрез предупреждения какво ще се случи. Хенри упорства и Томас е избран. Веднъж посветен, Томас промени както своя облик, така и начина си на живот. Той стана благочестив и строг и прие интегралната програма на папството и неговото канонично право. Тази грандиозна промяна обърка историците и бяха направени опити за няколко обяснения: че Томас е опиянен от амбицията си да доминира или че се е хвърлил, както преди, в част, която се е съгласил да играе. По-просто е да предположим, че той прие най-сетне духовните задължения, които беше пренебрегнал като канцлер и превърна в нов канал своята смесена енергия, сила на характера, наглост и воля. За голямо недоволство на Хенри, той веднага подаде оставка на канцлерството, но се привърза към архидейството, докато царят не беше принуден да подаде оставка.
Хенри е бил в Нормандия от август 1158 г., а при завръщането си през януари 1163 г. Томас започва борбата, като се противопоставя на предложение за данъци и отлъчва водещ барон. По-сериозно беше отношението му по въпроса за „престъпните чиновници“. В Западна Европа обвиняемите духовници дълго време се радваха на привилегията да се изправят пред епископа, а не на светските съдилища и обикновено получиха по-леки наказания, отколкото преценяваха съдийските съдилища. В Англия преди норманското завоевание това все още беше обичай. Ако бъдат признати за виновни в църковен съд, духовниците могат да бъдат унищожени или заточени, но не подлежат на смърт или осакатяване. 60 години след норманското завоевание малко се чува за чиновническа престъпност или за нейното наказание, докато на континента Григорианските реформатори са били склонни да наблягат на единственото право на църквата да се опитва и да наказва чиновниците в големи ордени. Позицията на Тома, че виновен чиновник може да бъде унижен и наказан от епископа, но не бива да бъде наказан отново от властта - „не два пъти за една и съща вина“ - беше канонично спорен и в крайна сметка надделя. Твърдението на Хенри, че чиновническата престъпност е пълна и че е насърчена от липсата на драстични наказания, се похвали на съвременните читатели като справедливо. Но трябва да се помни, че мотивите на краля са били авторитарни и административни, а не просветлени. Независимо от това, може да се смята, че Томас е бил недобросъвестен в своята твърда позиция по този въпрос.
Въпросът се присъединява на съвет в Уестминстър (октомври 1163 г.), но кризата настъпи в Клеръндън (Уилтшир, януари 1164 г.), когато кралят поиска глобално съгласие за всички традиционни кралски права, сведен до писане под 16 глави и известен като Конституции на Клерънд. Те отстояваха правото на краля да наказва престъпни чиновници, забраняваше отлъчването на царски служители и апели към Рим и даваше на краля приходите от свободни виждания и властта да влияе на епископските избори. Хенри беше оправдан, като заяви, че тези права са били упражнявани от Хенри I, но Томас също е оправдан, като поддържа, че те са в противоречие с църковното законодателство. Томас, след като устно прие Конституциите на Кларенд, оттегли съгласието си и апелира към папата, след това във Франция, който го подкрепи, докато омаловажава действията за утаяване.
Кавги с Хенри
Добрите отношения между Томас и Хенри вече приключиха; архиепископът е призован на съд от царя по въпрос на феодално задължение. На Съвета в Нортхемптън (6–13 октомври 1164 г.) беше ясно, че Хенри възнамерява да съсипе и затвори или да принуди оставката на архиепископа. В това той беше окуражен от някои от епископите, сред които Жилбер Фолиот, епископ на Лондон. Томас бяга прикрит и се приютява с Луи VII от Франция. Папа Александър III го прие с чест, но се поколеба да постъпи решително в негова полза от страх, че той може да хвърли Хенри в обятията на Светия римски император Фридрих I и неговия антипоп Пасхал III.
Изгнанието на Томас продължава шест години (2 ноември 1164 г. - 2 декември 1170 г.). Към него се присъединиха много негови бележити домакинства и живееше аскетично, първо в абатството на Понтини, а след това, когато Хенри заплаши монасите, в абатство близо до Сен. Междувременно Хенри беше завзел имотите на архиепископа и неговите привърженици и изгони всички близки на Томас роднини. В следващите години бяха направени няколко опитни опита за помирение, но новите действия на враждебност от страна на краля и декларации за отлъчване, хвърлени от Томас на неговите противници, вдъхновяваха борбите.
Епископите бяха разделени, но по-голямата част от тях, водени от Фолиот, или бяха враждебно настроени към Тома, или се колебаеха да го подкрепят. Папските легали повече от веднъж се стремяха да посредничат, а кралят и архиепископът се събраха в Монтрейл през 1169 г., само за да участват в гняв. Томас се доверява на краля и от своя страна е мразен от него. През същата година Хенри излага допълнения към Конституциите на Клерънд, като на практика оттегля Англия от папското подчинение. Накрая, през 1170 г., най-големият му син е коронясан за съ-крал от архиепископа на Йорк, стария съперник на Бекет.
Това беше грубо нарушение на папската забрана и на незапомненото право на Кентърбъри да коронясва краля. Тома, последван от папата, отлъчи всички отговорни. Хенри, опасявайки се от присъда за Англия, се срещна с Томас във Фретевал (22 юли) и беше постигнато споразумение Томас да се върне в Кентърбъри и да получи обратно всичките притежания на неговия вид. Нито една от страните не се оттегли от позицията си по отношение на конституциите на Клерънд, които по този повод не бяха споменати. Този „отворен“ конкордат остана необяснимо събитие. Томас се завръща в Кентърбъри (2 декември) и е приет с ентусиазъм, но по-нататъшно отлъчване на враждебните кралски слуги, отказ да премахне отлъчването на Роджър от Йорк и Фолиот и готовото приемане на бурно признание от тълпите, вбесили Хенри в Нормандия.
